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/ MacFormat 1996 March / macformat-035.iso / Shareware City / Science / DNA stacks 1.1 / Sample Input⁄Output / 12S rRNA / Sample output files / Paup Format Output < prev    next >
Encoding:
NEXUS format  |  1990-11-15  |  4.1 KB  |  90 lines  |  [TEXT/PAUP]
  1. #NEXUS
  2.  
  3. begin data;
  4. dimensions ntax=5 nchar=448;
  5. format datatype=DNA symbols="ATGC" matchchar='-' interleave
  6.  gap='.' missing='?';
  7. options gapmode=newstate;
  8. [*   1------------------------------------------------------------------------*
  9. *** 
  10. *** SAMPLE ALIGNED NUCLEOTIDE DATA ALIGNED 8/31/90 
  11. *** WITH DOOLITTLE SUBPROGRAM OF MBIR PACKAGE (EUGENE)
  12. *** CONVERT THIS DATA BY SELECTING CONVERT N-IN TO… BOTH UNDER N-IN MENU
  13. *** TAXA ARE COW, HUMAN, MOUSE & XENOPUS (FROG), AND PARACENTROTUS (URCHIN)
  14. *** ALL SEQUENCES EXTRACTED FROM GENBANK
  15. *** GENE IS PORTION OF SMALL RIBOSOMAL RNA-ENCODING MTDNA
  16. *** NO ATTEMPT HAS BEEN MADE TO FIND A MORE OPTIMAL ALIGNMENT FOR THIS DATA
  17. ***
  18.  REPORT '(multalign -ms -n -f 0_{12s-vert+zurch -tr -op 2.5 -in 0.5   )' (
  19.  89 lines)
  20. *   1------------------------------------------------------------------------*
  21. *** SHOW SEQUENCE ALIGNMENT
  22.  
  23. *** Aligned sequences
  24. C1 ( 1f) |>u 1280>----- vertcow (439 bases)----->u 842>|
  25. C2 ( 1f) |>u 1496>----- verthum (431 bases)----->u 1066>|
  26. C3 ( 1f) |>u 919>----- vertmus (436 bases)----->u 484>|
  27. C4 ( 1f) |>u 2915>----- vertxen (432 bases)----->u 2484>|
  28. C5 ( 1f) |>u 883>----- zurchin (406 bases)----->u 478>|
  29.  
  30. *** Alignment of first sequence with all others displayed
  31. *** Key
  32.     UPPER CASE = aligned non-identical bases
  33.     lower case = unaligned bases
  34.     ---------- = aligned identical bases
  35.     .......... = gap
  36. ]
  37.  
  38. matrix
  39. [        0.........1.........2.........3.........4.........5.........6
  40.          0.........0.........0.........0.........0.........0.........0]
  41. vertcow   AGGGTGACGGGCGGTGTGTGCGTGCTTCATGGCCTAATTCAA.CTAAGCACTCTATTCTT
  42. verthum   -------------------A--C------G----CTG-----.------------C----
  43. vertmus   -----------------------A------T--TC-------t.-----T----------
  44. vertxen   ----------------------C---C--G----GTT--A--gAGG-A-T----TG-T-C
  45. zurchin   --A----------A-----A--CAT-C--GA--TCTT----g.-CCCATTT------TGG
  46.  
  47. vertcow   AGTTTACTGCTAAATCCTCCTTTGGTT..ATTGGTTTCATAA.TAACTTTCGTGCTTGAT
  48. verthum   -----------------A----C-ACCc.T-AA--------a.GGG--A----..A.-T-
  49. vertmus   -A------A-------------A-TCC..T--A---------aGGG.-A-A--..AATG-
  50. vertxen   TC---------------G-----TC-CgaTC----------GaG-T-------..-.T--
  51. zurchin   G-C--------G-----AA---CTAAAga----.------TTc--T.-----C..-.-G-
  52.  
  53. vertcow   TCTCTTGGTGTAGAGAATGTAGCCCATTTCTTCCCATTTCATAGGTTACACCTTGACCTA
  54. verthum   -.---G--.-----A-----------------G---CC----G--C--------------
  55. vertmus   ---T--AT.AA.--A---------------------------T--C--------------
  56. vertxen   ---AAG-T.A----A---------------------C------T-C-------------G
  57. zurchin   CG-....T.AA-A-C-T------T--C-CA------GC-T--GT-C-G--------T--G
  58.  
  59. vertcow   ACGTTTTTATGTATCATAATTA..CGCTTACTTTTTTTCCTTTTT.AGGGTTTGCTGAAG
  60. verthum   ----C----C--GGGTACT-g...----------G-AG----CA-c--------------
  61. vertmus   ------------T-G--TC--Ttg-..-------.AA-A-C----t--------------
  62. vertxen   ----G--G---A-AA--C----..A--C----AAGAA--TC-CACg---.-GG----GC-
  63. zurchin   ----C-GG..-A--TT-CCC--ggA--CA----......TC--AAg-A-.-AGA--T-C-
  64.  
  65. vertcow   ATGGCGGTATATAGACTGTATTAGCAAGAATTGGTGAGGTTTATCGGGGTTTATCGATTA
  66. verthum   --------------G---A....------GG----------G------------------
  67. vertmus   --------------G---A----------GA---------AG-G----------------
  68. vertxen   -C--T---------G-G-GT--G-------G------------G--A--GG---------
  69. zurchin   -C-AT------C-AG---AT---.---A-G----------G-T---T--A---------C
  70.  
  71. vertcow   TAGAACAGGCTCCTCTAGAAGGATATAAAGCACCGCCAAGTCCTTTGAGTTTTAAGCTGT
  72. verthum   C------------------G------G-----------G---------------------
  73. vertmus   -------------------T----------T---------------------------A-
  74. vertxen   C-----------------GT--G-T-GG-------------------G----------TA
  75. zurchin   A-TGG--A----.--C--GGA-G---GG-AA------------------------A--T-
  76.  
  77. vertcow   T.GCTAGTAGTACTCTGGCGAATAATTTTGTTTATGTAA.TTATCTGTGTTTAGGGCTAA
  78. verthum   G.---C-----GT--------GC-G-------G-.T-T-aC-G-TGAG------------
  79. vertmus   G.---------T-------A----G-------A-AT-T-a----T-AG-----T------
  80. vertxen   G.---C-----..-------....GA---.--GC.----g-AG--AAA-----T-----G
  81. zurchin   -a-T-T-----..---CTG-...........-GC.T--Gg--G-......---C-T----
  82.  
  83. vertcow   GCATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG
  84. verthum   ----------------------------
  85. vertmus   ----------------------------
  86. vertxen   ----------------------------
  87. zurchin   -T-----A-------------TG----A
  88. ;
  89. end;
  90.